Esta es la historia de un samurái vagabundo de la época Meiji que quiere dejar atrás su pasado como un famoso y temible asesino. Para tratar de pagar por todo el daño que causó, Kenshin decide proteger a los más débiles con su espada de filo invertido, la cual le permite usar su técnica más poderosa y devastadora sin causar nuevas víctimas. Mientras tanto, a su alrededor aparecerán varios personajes que van a formar parte de su vida. Todos ellos tienen una cosa en común: son personas sin familia ni hogar.